Suite à la parution du Décret n°2026-705 du 29 juillet 2026 relatif aux congés pour raisons de santé des agents publics civils et militaires certaines règles relatives aux congés maladie et au temps partiel thérapeutique évoluent pour les agents territoriaux. 

Ci-dessous les principales évolutions :

Congés pour raisons de santé débutant ou prolongés à compter du 1er septembre 2026 :

Plafonnement des arrêts maladie : 

La durée d'un arrêt maladie est plafonnée à 31 jours pour un premier arrêt maladie et à 62 jours pour une prolongation (alignement avec le régime général) ; la rémunération est maintenue seulement si la prolongation est accordée par le prescripteur initial (sauf exceptions). 

Contrôle médical renforcé : 

Un contrôle est possible à la demande de l'employeur pour vérifier la présence au domicile de l'agent (en cas de sorties non autorisées ou d'heures de présence obligatoires). 

L'absence injustifiée de l'agent ou le refus du contrôle entraine l'interruption du versement de sa rémunération jusqu'à la date de fin de cet arrêt. 

Le temps pendant lequel le versement de la rémunération a été interrompu compte dans la période de congé en cours.

Formation : 

Sous réserve d'avoir obtenu l'avis favorable du médecin agréé, le fonctionnaire bénéficiant d'un congé de maladie, de longue maladie ou de longue durée peut demander à réaliser ou poursuivre une action de formation ou un bilan de compétence afin de favoriser sa réadaptation ou sa reconversion professionnelle. 

L'autorité territoriale se prononce sur cette demande dans un délai de trente jours. 

Durée des congés de longue maladie ou de longue durée (CLM et CLD) : 

Désormais, les CLM ou les CLD pourront être accordés ou renouvelés, dans la limite de 6 mois (contre une durée entre 3 et 6 mois actuellement).

Conseil médical : 

Suppression de la consultation du Conseil médical pour le renouvellement d'un CLM ou d'un CLD après épuisement du plein traitement.

Temps partiel thérapeutique accordé ou prolongé à compter du 1er août 2026 :

Nouveau délai de traitement d'une demande de temps partiel thérapeutique (TPT) : 

L'employeur dispose d'un délai de 30 jours pour répondre à une demande de TPT (sauf CLM, CLD, CITIS, disponibilité pour raison de santé : la décision intervient au plus tard le jour de la reprise). 

Durée du TPT :

Le TPT peut être autorisé pour une durée allant jusqu'à un an sans renouvellements périodiques obligatoires.

Refus de TPT : 

Tout refus doit obligatoirement être motivé.

  • L'avis préalable d’un médecin agréé est nécessaire en cas de refus fondé sur un motif médical 
  • Un entretien préalable est obligatoire en cas de refus fondé sur des nécessités de service et l'agent peut se faire assister par la personne de son choix lors de cet entretien

Nouvelles modalités du contrôle médical : 

L'employeur peut faire procéder, dès réception de la demande d'autorisation à l'examen de l'agent intéressé par un médecin agréé. 

L'absence injustifiée de l'agent à cet examen vaut désistement de sa demande.

Les fiches statut correspondantes sont en cours de mise à jour.